提取理想的RNA在分子生物学领域所用的众多实验技术中是必不可少的。有很多技术可以用于基因表达分析，对于这些技术而言，分离得到完整的RNA是必不可少的一步。Northern分析，荧光定量PCR以及用于微阵列芯片分析的cDNA标记实验（尤其在使用oligo(dT)作为引物时）均要求RNA具有高度的完整性。而RT-PCR与核糖核酸酶保护实验均涉及到对较短序列区域的分析（通常短于1kb），因此较易接受部分降解的RNA。无论下游具体实验是做什么，进行基因表达分析之前检测RNA的完整性都是有意义的。

常见检测方法

1）琼脂糖凝胶电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质。

2）NanoDrop 2000 分光光度计检测样品纯度。 

琼脂糖凝胶电泳

RNA琼脂糖凝胶电泳图需查看以下几方面：

1）目的条带是否明亮清晰；

2）泳道内是否有降解弥散区；

3）胶孔处是否有蛋白质的污染；

4）是否有DNA污染；

例：

完整的总RNA在琼脂糖凝胶电泳时会产生清晰的28S和18S rRNA条带（真核样品），泳道无弥散区,无蛋白和DNA污染。28S rRNA条带的强度应当大致为18S rRNA条带的两倍，这种2:1的比率（28S：18S）是判断RNA完整性的一个很好的指标（下图左一，第2、3条泳道，思科捷货号：AC0307，样本：玉米种子）；

如果RNA的28S：18S比值＜2:1，表明提取过程部分RNA降解，电泳条带会弥散，没有清晰的rRNA条带（下图左二，第2、3泳道）；

如果点样孔下方有条带，可能提取的RNA有蛋白质污染（下图左三，第2泳道）；

如果点样空和28S中间有一条明显条带，说明RNA提取过程可能有DNA的污染（下图左四，第2、3泳道）。

分光光度法

OD260/OD230与OD260/OD280均可用于判断RNA提取纯度，分别表示RNA样品中有无碳水化合物和蛋白质污染。实验室一般习惯用OD260/OD280值初步鉴定核酸提取的纯度。

A230nm 是碳水化合物最高吸收峰的吸收波长，如酚，糖类等；A260nm是核酸最高吸收峰的吸收波长，如 RNA，DNA，引物等；A280nm 是蛋白质最高吸收峰的吸收波长。

OD260/OD280

* 1.7 ＜OD260/280＜2.0

RNA提取较纯。

* OD260/280＜1.7

RNA提取过程可能有蛋白质或酚污染。

* OD260/280＞2.0

RNA提取过程可能有异硫*酸残存。

OD260/OD230

* OD260/230≈2.5

RNA提取较纯

* OD260/230＜2.0

RNA提取过程被碳水化合物（糖类），盐类或有机溶剂污染。

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