反转反转,改变一点点,实验大反转!

2019-12-17

科研党们整天都在为提取RNA而烦恼,费尽九牛二虎之力,终于!RNA质量完美!

可是。。。qPCR/PCR结果依然不好,咋整?!




在做qPCR/PCR实验之前,必不可少的一步就是反转录。别小看它哦,它在整个实验流程中发挥着重要作用!

反转录(Reverse transcription )是以RNA为模板合成DNA的过程,即RNA指导下的DNA合成。反转录PCR(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)是将RNA的反转录反应和PCR反应联合应用的一种技术



影响RT-PCR的因素主要可以概括为以下几点:


1)RNA的质量

反转录必须保证实验使用的RNA质量(如图2所示):琼脂糖电泳胶图包括28S和18S两条清晰明亮的条带(真核样品),且28S/18S≈2:1,A260/280≈2.0,泳道无弥散区、无基因组、蛋白污染等。


图2  思科捷货号:AC0307,样本:玉米种子

2)反转录酶的热稳定性

常规反转录酶发挥作用的最佳温度在42℃左右,但常规温度很难打开复杂模板中的二级结构,直接阻碍cDNA的继续合成;选择热稳定性高的反转录酶,可以在高温打开复杂模板中二级结构的同时发挥作用,极大的提高了复杂模板的反转录效率(图3)。


图3

3)反转录引物的选择

反转录实验可供选择的引物主要包括3种,其各自特征及优缺点如下表所示。可见,根据后续实验的不同要求,需要选择合适恰当的引物进行反转录实验,这同样也是反转录PCR中重要的一环。

引物类型

特征

优势

劣势

Oligo dT

锚定Oligo dT

Oligo dT引物适用于识别mRNA末端的Poly A尾;

锚定Oligo dT3’端包括GCA残基。

可从含Poly A尾的mRNA合成全长cDNA;

锚定碱基保证了引物结合在Poly A  5’端。

只能扩增含有Poly A尾的mRNARNA样品的质量要求较高。

随机引物

6-9个碱基,可随机识别并在退火时结合在模板RNA上。

可同所有类型的RNA结合适合于含有二级结构RNA,或微量样本得率高。

产物来自所有RNA模板,可能会对目的片段造成稀释;cDNA小片段较多。

序列特异性

引物

识别特定模板序列

产物特异性及反应灵敏度高。

只能合成特异性的某条序列。



当所有试剂准备就绪,即可进行反转录体系的配制。常规的RT-PCR体系的配制需要加入引物、模板、反转录酶、RNase Inhibitor、RT Buffer、dNTP、RNase-free H2O等等试剂,操作步骤繁琐复杂。


那么,重点来啦!!


思科捷AG0304试剂盒为一管式反转录预混 Mix,其中2×SPARKscript Ⅱ RT Plus Master Mix 中含有反转录第一链合成所需的所有试剂(SPARKscript Ⅱ Hˉ RTase、RNase Inhibitor、Random Primer、Oligo(dT)Primer、dNTP Mixture、Buffer),其中特别优化了Oligo dT和N6随机引物的配比,使cDNA合成可从RNA转录的各个区域起始并具有相同的反转录效率,最大程度保证后续实验结果的真实性和可重复性;此外,试剂盒中还包含具有 DNA 分解活性的特殊 gDNA Eraser Mix,5 分钟消除 gDNA 残留,不需要 DNase 消化或更多繁琐步骤。

想让你的实验发生惊天大反转吗?快来思科捷购买反转录试剂盒AG0304,会有意想不到的惊喜哦~

(同时搭配思科捷RNA提取试剂Trizol (AC0101)和qPCR试剂(AH0104)效果更棒呢!)

思科捷小彩蛋:


如何证明RNA反转录是否成功?

因为cDNA 是长短不一的 DNA 片断混合物,所以电泳的结果大多是模糊一片的,如果 RNA 丰度较低,电泳也可能是无产物,但是这种情况并不代表 PCR 会无结果。检测 cDNA 可以用定量的方法首先看一下内参有没有扩增出来,内参有结果,cDNA 的质量基本上可以保证。但能扩增出内参,不一定就说明 cDNA 没有问题。因为内参在 cDNA 中丰度高,很容易扩出。如果 cDNA 存在部分降解,从机率的角度讲,就会大大影响低丰度的目的基因的 PCR 结果,而内参因为依然是高丰度,扩增很可能不受影响。有些 GC 含量高, 二级结构复杂的 RNA 模板,低温很难将二级结构打开,使用普通的逆转录酶很难奏效,此时可以选择思科捷AG0304,该酶可耐受高至 55℃高温,能够高效反转录多种 RNA 模板,最大限度将 RNA 逆转录成 cDNA 第一链。

如上图, 采用思科捷AG0304和竞品品牌V分别对RNA1、RNA2进行反转录,思科捷AH0104进行qPCR,获得扩增曲线如图所示,CT(AG0304反转获得的cDNA)<CT(某品牌V反转获得的cDNA) ,可见思科捷AG0304的反转录效率高于某品牌V。
想要了解更多的分子生物学相关产品,请关注思科捷网www.sparkjade.com。我们将持续加大研发投入,丰富产品种类,苛求产品质量,不断为广大科研用户提供更加可靠的产品和更优质的服务,真正做到思以科,捷所成!
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