为什么蛋白实验结果的重复性差?为什么明明是同一管样品,再次使用就没有结果了呢?当你还在冥思苦想的时候,蛋白可能已经在悄悄降解了……
图1 蛋白降解图
世界上没有两个完全一样的东西,正如世界上不会出现两个降解程度一模一样的蛋白。
如图1所示,不同样品甚至不同泳道上的蛋白降解程度都是不一样的。泳道2中蛋白降解非常严重,以至于在显影后无法检测到;泳道3-1,3-2中蛋白部分降解,显影后下方出现降解条带,当蛋白降解程度再重时,会出现不同长度的蛋白降解条带,呈现弥散状或直接无法检测。
在体外研究中,蛋白合成过程终止后,降解作用大大增强,其中蛋白酶在蛋白降解过程中发挥着重要作用。
蛋白酶是水解蛋白质肽链的一类酶的总称,主要作用是催化蛋白质水解。
按其水解多肽的方式,可以将其分为内肽酶和外肽酶两类。内肽酶作用于蛋白质多肽链的内部,可以在特定肽键处切割,产生多个较小的肽段;外肽酶则作用于蛋白质或多肽链的末端,逐个将肽键水解,释放出单个的氨基酸。按其作用活性中心,又可将蛋白酶分为丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶和金属蛋白酶等。
为了保护蛋白,降低蛋白降解的风险,在实验中抑制蛋白酶的活性便是首要的任务,因此蛋白酶抑制剂身担重任。
根据氨基酸序列的同源性和靶向蛋白酶的不同,蛋白酶抑制剂可分为丝氨酸蛋白酶抑制剂、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、天冬氨酸蛋白酶抑制剂以及金属蛋白酶抑制剂。
实验中常用的PMSF(苯甲基磺酰氟)就是一种丝氨酸蛋白酶抑制剂,它会特异性的结合到丝氨酸蛋白酶的活性区域,从而抑制蛋白酶的作用,保护蛋白。
但是在实验过程中,不同类型的蛋白提取物中会含有不同类型的蛋白酶。例如,哺乳动物细胞提取物中通常含有高丰度的丝氨酸蛋白酶,哺乳动物组织提取物中主要含有丝氨酸、半胱氨酸和金属蛋白酶,细菌提取物通常含有较多的丝氨酸蛋白酶和金属蛋白酶,植物提取物中常含有大量的丝氨酸和半胱氨酸蛋白酶,还有一些含有天冬氨酸蛋白酶。
由此可知,在种类多样的实验样本前,单一的蛋白酶抑制剂已经不能满足实验要求了,于是蛋白酶抑制剂cocktail应时而生,其含有多种蛋白酶抑制剂成分,能同时抑制多种蛋白酶活性,对蛋白的保护更加全面。
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